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Sin embargo, la alegría duró muy poco a los aficionados españolistas ya que el 8 de agosto de ese mismo año tuvo lugar uno de los sucesos más tristes en la historia del R. C. D. Espanyol. Sin embargo, este inocente acto tenía un motivo: colocarle un detalle de color a la camisa blanca que hasta ese momento identificaba al equipo. En ese momento el club fue reconocido como el 10º mejor equipo del mundo según la IFFHS.
El 10 de septiembre de 2009, la IFFHS publicó la clasificación de los mejores clubes europeos del siglo XX, ocupando el R. C. D. Espanyol la posición número 98 debido a sus participaciones en competiciones europeas. El 31 de mayo de 2009 se ponía fin a 12 temporadas en el Estadio Olímpico de Montjuïc, tras la marcha del Estadio de Sarriá, con el partido que ganó el R. C. D. Espanyol por 3 goles a 0 ante el Málaga C.F.
El 9 de junio de 2007, Raúl Tamudo se convirtió en el máximo goleador de la historia superando así los 111 goles de Rafael Marañón, y consiguiendo el total de 113. El gol más recordado de Raúl Tamudo es sin duda el marcado en la temporada 2006/07 al F. C. Barcelona en el último minuto de partido en el Nou Camp, que le costó el título de la Liga al F. C. Barcelona en favor del Real Madrid Club de Fútbol. En este mismo encuentro Raúl Tamudo logró un hat-trick y alcanzó la cifra de 129 goles con el conjunto españolista.
Sin embargo, el equipo supo reponerse ante las adversidades y siguió puntuando en la competición doméstica, logrando acabar en el 4.º puesto y clasificándose de este modo para la Champions, con 73 puntos. Luis García Fernández fue el autor del primer gol en este campo seguido más tarde por dos goles de Ben Sahar. El conjunto perico se impuso por 3 goles a 2 frente al Valencia Club de Fútbol, siendo el defensa valencianista Iván Campo el autor del último gol de la historia del estadio. Después regreso a Valparaíso para jugar frente a Everton, todo esto con el fin de curar heridas sobre la Guerra del Pacífico entre ambos países.
Pese a reconducir la situación en el campeonato de liga con beneficios resultadistas, en competición internacional no se suplieron esas carencias y firmó el peor arranque del equipo en la Liga de Campeones, camisetas deportivas baratas tras no ganar ninguno de los dos primeros partidos disputados por primera vez en su historia. El equipo de diseño utiliza herramientas de visualización en 4D para dar vida al producto antes de crear muestras. Tras cuatro cambios de entrenador y desembolsar más de cincuenta millones de euros en fichajes, de los que prácticamente 40 fueron invertidos en el mercado de invierno fichando a jugadores como Raúl de Tomás, Adrián Embarba y Leandro Cabrera, sin embargo, no pudieron revertir la situación y el equipo finalizó por primera vez en el último puesto de la clasificación.
Esta década es, sin duda, la época con más títulos oficiales de la historia del R. C. D. Espanyol en la que además se contó con jugadores del nivel de Raúl Tamudo, Iván de la Peña, Luis García, (estos tres formaron el trío conocido como «los 3 tiburones») y también Albert Riera, Mauricio Pochettino, Walter Pandiani y Carlos Kameni entre otros. Acabó la temporada como campeón obteniendo Raúl de Tomás el premio Pichichi y Diego López, a sus 39 años, el premio Zamora de segunda división. En honor al centenario de la entidad, el club recibe de la Generalidad de Cataluña el Premio Cruz de Sant Jordi, y el 14 de noviembre de 1999, se juega el partido que inauguraba los actos del centenario en el Estadio Olímpico de Montjuïc (renombrado en 2001 como Estadio Olímpico Lluís Companys), en el que el R. C. D. Espanyol derrotó a la Selección Argentina de Fútbol por 2 goles a 0. La remontada patrimonial de la entidad se inicia con la construcción de una Ciudad Deportiva propia en San Adrián de Besós, inaugurada en 2001, y la colocación de la primera piedra del nuevo estadio del club en 2003, situado entre los municipios de Cornellá de Llobregat y El Prat de Llobregat, y financiado por un crédito concedido por cinco entidades financieras por un total de 55 millones de euros.
El 2 de agosto de 2009 se estrenó el nuevo estadio con un partido amistoso contra el Liverpool FC con resultado de 3-0 favorable a los periquitos. El primer partido que se registró contra un club extranjero fue el 17 de agosto del año 1922, donde el local enfrentó al combinado de la Liga Salteña de Salto de la República Oriental del Uruguay, partido que terminó empatado en 2 goles, pero que se prosiguió por 20 minutos más porque estaba en juego una medalla de oro llamada diario «El Litoral».