En la temporada 2005-2006, el Villarreal consiguió clasificarse para las semifinales de la UEFA Champions League tras eliminar al Rangers escocés en octavos de final (2-2 en Escocia y 1-1 en España) y al favorito Inter en cuartos. -finales (derrota 1-2 en Milán y victoria 1-0 en España). Tras años de anonimato en las ligas inferiores españolas, de hecho, en la temporada 1997-1998 el club, gracias al triunfo en el play-off ante el Compostela (0-0 en casa y 1-1 fuera), aterriza por primera vez, gracias a la regla de los goles fuera de casa en LaLiga. 15 de enero 1-1 Zaragoza 2-0 Getafe 13 de mayo. CSKA Moscú 102-106 (aet) Panathinaikos 3 ene. Dijon compra al argelino Mehdi Abeid al Panathinaïkos. 29 de enero, del regreso Calleja. Debido a un difícil comienzo de temporada 2018-2019, con solo 14 puntos en las primeras 15 jornadas y el decimoséptimo puesto de la clasificación, el 10 de diciembre de 2018 Calleja fue despedido y sustituido por Luis García Plaza. En la 2017-2018, los amarillos sufren tres derrotas en las seis primeras jornadas, resultado que provoca la destitución del técnico Escribá, sustituido el 25 de diciembre de 2017 por el técnico del equipo b Javi Calleja. En enero de 2013 se llamó al guía técnico Marcelino, que en la segunda mitad de la temporada llevó a los amarillos a la remontada.
En la temporada 2009-2010, la guía técnica estuvo a cargo de Ernesto Valverde, luego despedido y reemplazado por Juan Carlos Garrido, técnico del Villarreal B. El equipo finalizó el campeonato en la séptima posición, clasificándose para los play-offs de la Europa League gracias a la exclusión de las Copas de Mallorca. La temporada 2020-2021, de la mano de Unai Emery, el Villarreal se clasifica por primera vez para una final de una competición europea, la de la Europa League 2020-2021. El 26 de mayo de 2021, en Gdansk, tras un empate 1-1 en la prórroga, la selección española se impuso en los penaltis al Manchester Utd, ganando el trofeo. El Real Madrid de Luis Molowny, vigente campeón, debutó ante el AEK Atenas griego ganando con un resultado global de 5-1. En la segunda ronda, los españoles se enfrentaron al conjunto soviético Čornomorets', venciéndolos por 2-1 en el global. En los octavos de final, el Borussia M'gladbach de Alemania Occidental solo fue superado por goles fuera de casa tras una derrota por 5-1 en Alemania Occidental y una victoria por 4-0 en Madrid. Su final casi marcó también el de la ciudad porque sus asesinos, exaltados por el asesinato del gobernante, pusieron a Cuzco a fuego y espada y fueron expulsados por los Incas sólo al final de una sangrienta batalla calle por calle.
Relegado al banquillo, tomó el relevo tras la lesión de César y gracias a la gran actuación retomó definitivamente la camiseta de titular, que conquistaría también en la selección española. La diferencia técnica y psicológica entre Chelsea y Real Madrid es demasiado grande. Durante seis años seguidos, camisetas barca el Villarreal terminó en la tabla media-baja de Segunda División y luego dio el salto. 1931-32: 5º en Segunda División Regionales. 1939-40: en la Segunda División Regionales. La temporada 2012-2013, la primera en Segunda después de doce años, no empezó de la mejor manera y el Villarreal se situó en la mitad de la tabla, con una diferencia de unos 10 puntos respecto al primero. En la temporada 2007-2008 obtuvo su mejor resultado en LaLiga, segundo puesto, por detrás del Real Madrid y por delante del Barcelona, y se clasificó de nuevo a la Champions League, donde al año siguiente alcanzó los cuartos de final, derrotado de nuevo por el arsenal. El Villarreal, a un día del final del torneo, se encuentra en la segunda plaza para luchar por el ascenso en casa en el choque directo con el Almería. En 1940 se formó un nuevo equipo, el Club Atlético Foghetecaz, que años más tarde adquirió el título deportivo del inactivo CD Villarreal, y comenzó a competir en las categorías regionales en 1947. El primer presidente fue Lorenzo Carda Corbató.
La temporada 2010-2011 fue positiva, con el club alcanzando el cuarto puesto de la liga y la consiguiente clasificación para la UEFA Champions League, mientras que en la Europa League el club llegó a semifinales, donde fue eliminado por el Porto, futuro ganador de la competencia. El camino en la Europa League se interrumpe en los octavos de final ante los compatriotas del Sevilla. A pesar de los problemas en la liga, en la Europa League el equipo es autor de una excelente racha: ganando su grupo, elimina al Sporting de Lisboa en los dieciseisavos de final y al Zenit de San Petersburgo en los octavos de final, antes de caer ante sus compatriotas. Valencia en cuartos de final. Regresó a Tercera en 1967 y tres años después ganó el campeonato, obteniendo el ascenso a Segunda División. El debut en Segunda División se remonta a la temporada 1970-1971, cerrado con la salvación (puesto decimosexto), antes de un descenso al año siguiente (puesto decimoséptimo). En la temporada 2015-2016 el equipo empezó con buen pie y lideró la clasificación de la máxima división española tras la sexta y séptima jornada, antes de caer al quinto puesto en la octava jornada. Es la peor colocación desde que volvió a la máxima categoría en 2013. Decididamente mejor está la temporada 2019-2020, en la que el Villarreal cierra el campeonato en quinta posición, clasificándose para la Europa League.
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